El INIFAP como Centro Público de Investigación (CPI) y atendiendo lo dispuesto en la Ley de Ciencia y Tecnología, suscribió a partir del 2003 un Convenio de Desempeño, a través del cual estableció su relación con la Administración Pública Federal. Durante la vigencia de este convenio, 2003-2009, el Instituto mantuvo su desempeño con calificaciones en el rango de excelente a bueno.

Derivado de las reformas y adiciones a la Ley de Ciencia y Tecnología publicadas en agosto de 2006, el Instituto inició el proceso para la formulación del Convenio de Administración por Resultados para el período 2009-2013, instrumento para evaluar el desempeño y el impacto de las acciones como CPI con los siguientes objetivos: 1) mejorar las actividades; 2) alcanzar las metas y lograr los resultados programados y convenidos; 3) tener una actuación y un ejercicio de gasto y rendición de cuentas más eficiente y transparente y, 4) vincular a la administración pública por resultados e impactos, con el monto del presupuesto que se le asigne.

En enero de 2011, se concluyó la suscripción del Convenio de Administración por Resultados del INIFAP 2009-2013, por lo que el desempeño institucional, a partir de 2010, se realiza a través de este instrumento en sustitución del Convenio de Desempeño.