De acuerdo a los artículos 37 fracción XII de la ley orgánica de la Administración Pública Federal y 5° fracción XIX del reglamento interior de las SEFUPE el contralor interno y los titulares de la áreas de auditorías, quejas y responsabilidades dependen jerárquica y funcionalmente del C. Secretario de la función Pública, por lo que dicha unidad administrativa se considera en la presente estructura dado que el resto del personal que conforma tal unidad pertenece al INIFAP.